Fundación y conquista
El 13 de junio de 1562, Juan Jufré de Louyza y Montese, adelantado de la tercera corriente colonizadora que penetró en el territorio por el norte, fundó «San Juan de la Frontera», su actual capital en el valle de Tucuna, en nombre de Francisco de Villagra, Capitán General de los Reinos de Chile y de su Majestad el rey Felipe II de España.
"San Juan" fue puesto en honor al Santo Patrono de Jufré, San Juan Bautista.
Para el repartimiento de tierras Juan Jufré utilizó un plano que consistía en un rectángulo de cinco manzanas (o cuadras) por lado y 25 en total. Cada manzana se hallaba dividida por dos ejes perpendiculares en cuatro solares iguales. Al centro se situaba la manzana destinada a Plaza Mayor o de Armas (espacio central), con solares reservados en sus lados para el Cabildo, la Iglesia matriz y la Hermandad de Santa Ana, y parcelas adjudicadas a las familias del conquistador y otras de importancia. Las restantes manzanas se distribuían entre los demás pobladores. En los cuatro extremos del rectángulo de manzanas quedaron los lugares previstos para iglesias y conventos de Santo Domingo, San Francisco y La Merced y para hospitales, separados de españoles y de naturales (nativos). El trazado de San Juan de la Frontera respondió al molde de las poblaciones españolas en las Indias, fijado en 1523 por la Real Cédula de Fundaciones.3
El mismo año de la fundación, a pocos meses, Juan Jufré y algunos de los primeros pobladores, regresaron a Chile. Jufré nunca volvió a San Juan. Desde 1562 hasta 1594 San Juan tuvo su asiento en el lo que hoy es Coancepación, distrito del actual departamento Capital. A pesar de haber transcurrido 32 años desde su fundación, sólo se había levantado la iglesia y la casa dominicana. Las viviendas eran, según crónicas de la época “un rancherío (vivienda precaria) que no se diferenciaba mucho del caserío huarpe (nativos del lugar)”.4
A fines de 1593, el Río San Juan arrasó con la ciudad, así es que Luis Jufré la traslada 25 cuadras al sur de su primera ubicación.
En 1776 la Intendencia de Cuyo fue separada de la Gobernación de Chile e incorporada al Virreinato del Río de la Plata, como parte de laprovincia de Tucumán. Dos años después pasó a integrar la intendencia de Salta. Por último en 1872, por razones de mejor administración, Cuyo quedó subordinada a la intendencia de Córdoba.
